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<title>单细胞测序服务-上海鲸舟基因科技有限公司</title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234list_46.htm]]></link>
<description>11单细胞测序服务-上海鲸舟基因科技有限公司</description>
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<title><![CDATA[单细胞水平的病毒转录组测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_404.htm]]></link>
<description><![CDATA[随着现代生物医学研究技术的逐步深入和高通量测序技术的不断精进，高通量单细胞测序技术也顺应而生，并在生物医学研究的多个领域得到广泛应用。高通量单细胞测序技术主要通过定量研究单细胞内的mRNA转录组、蛋白表达谱、抗体VDJ组合信息以及染色质可及性等多方面信息，综合展示单细胞水平上的细胞异质性。随着单细胞技术的发展，越来越多病毒研究领域的学者，尝试用高通量单细胞测序这个新式武器，针对隐匿在细胞中的病毒一探究竟。但考虑到病毒普遍具备以下几个特点：1）有明确的宿主细胞特异性，即同一组织内仅感染特定的细胞类型；2）体内环境下，病毒阳性感染的细胞比例极低；3）相对于宿主细胞，单个细胞内的病毒mRNA分子数很少。这导致利用常规的高通量单细胞测序分析方法，很难直接检测到某个细胞内痕量的病毒mRNA分子。为了解决这一问题，中科普瑞单细胞技术平台收集建立了一个包含多达10000余种病毒基因组序列信息的病毒信息数据库，并搭建了一套适用于多平台（BD或10X）的单细胞病毒转录组分析流程。利用病毒数据库+病毒分析流程，得以从单细胞转录组的角度，研究病毒和宿主细胞的相互作用。应用范围通过单细胞病毒转录组分析，我们在单细胞水平研究：²当前组织中感染了哪（些）类病毒；²哪些细胞类型是病毒的宿主细胞，易感细胞具有什么特征表达谱；²病毒在宿主细胞内表达了哪些转录本，丰度如何；²在病毒感染前后，宿]]></description>
<pubDate>2023-09-26 14:59:19</pubDate>
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<title><![CDATA[植物单细胞测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_403.htm]]></link>
<description><![CDATA[近年来，单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在生物医疗科研领域蓬勃发展，解决了传统RNAseq中细胞异质性问题，在单个细胞水平上实现了对组织或器官基因表达的分析，构建了完整的单细胞转录图谱。为精细细胞亚群分群、鉴定和特征Marker基因筛选、转录因子调控通路发现，以及细胞发育轨迹、胞间通讯提供了解决方案。目前单细胞RNA测序技术已经广泛应用于人类、模式动物等的研究中。虽然单细胞技术在植物中也有一定的应用，但是仍然存在不少挑战：²植物细胞生存于刚性的细胞壁中，在制备单细胞悬液过程中要先从细胞壁中释放出细胞来。使用酶解液破坏细胞壁对植物来说是一种是生存胁迫，如果操作不当会引起细胞进行应激情况下的转录，会引起转录偏差。²原生质体制备过程中会引起渗透压改变，进而原生质体大小也会发生改变。²制备原生质体酶解配方个性化较高，不同组织之间差别比较大，并且酶解出来的原生质体很脆弱，活性波动较大。²植物单细胞测序后生信分析也是不小的挑战，由于植物基因组研究本身存在局限性，加上植物较为重要的线粒体和叶绿体基因组研究较难，基因注释存在一定难度。针对以上难点，中科普瑞单细胞平台在植物原生质体制备、生信分析等方面进行技术研发，并利用BD单细胞研究联合实验室，使用客户已发表的技术资源，开发了【中科普瑞植物单细胞测序解决方案】，具体包括植物原生质体制备+单细胞转录组测序以及生信分析]]></description>
<pubDate>2023-09-26 14:15:07</pubDate>
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<title><![CDATA[海洋生物单细胞测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_402.htm]]></link>
<description><![CDATA[BD平台开展海洋生物单细胞研究的优势²盐离子浓度、金属离子浓度以及其它干扰物质10x Genomics平台是将细胞、逆转录反应Mix、引物等成分通过包裹成油包水液滴的形式，实现在一个封闭的微型反应系统内，完成单个细胞转录组的逆转录反应。细胞缓冲液中或细胞中的高浓度盐离子、金属离子、残留的EDTA和DNase I等成分也都会被包裹在液滴内，从而影响逆转录酶的活性，导致反转录失败或者低效。BD Rhapsody平台是半开放的体系，通过细胞和磁珠共同沉降到微孔板里，来达到捕获单细胞转录组的效果。细胞经过裂解后，所有干扰物质包括金属离子、细胞重悬溶液中含有的EDTA和DNase I等都会被清洗，只留下干净的mRNA被磁珠回收。在干净的反应体系中，逆转录酶的活性不受抑制，反转录反应能正常进行。²细胞偏小、mRNA含量偏低无论是微流控技术还是微孔捕获技术，对于较小的细胞，由于细胞捕获过程中（被包入油滴或者落入微孔）的动力学特征的影响，有可能造成一定的细胞数目偏差。10x Genomics平台是封闭系统，一次性快速的完成液滴包裹实验，无法调整实验参数，直到测序完成后，通过生物信息学分析才能知道捕获的细胞数目。如果利用BD Rhapsody 平台的实时成像监控系统，可以通过监控现场的荧光/明场的扫描结果，调整细胞沉降的实验参数，从而把控实验质量，保证单细胞测序实验能够按照预]]></description>
<pubDate>2023-09-26 14:15:35</pubDate>
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<title><![CDATA[单细胞核转录组测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_401.htm]]></link>
<description><![CDATA[由于单细胞RNA测序（scRNA-seq）对于器官或者固体组织制备的细胞悬液的细胞活性和细胞数目有着较高的要求，受限于样本解离过程，主要存在以下问题：²仅适用于新鲜组织样本，对于冻存样本，由于细胞已经丧失活性，因此无法开展单细胞测序。²解离过程会诱导应激基因的表达，引起细胞转录模式发生“人为改变”（artifactual transcriptional stress responses），造成转录偏好（bias）。这样获得的数据无法真实的反应样本的细胞转录状态，结果的可靠性大大降低。²对于很多实体组织，如脑、心脏、肾脏等，蛋白酶倾向于将易于解离的细胞类型解离下来，因此会丢失不易解离的细胞；同时一些较为敏感的细胞可能会因为解离过度而破碎。这样，解离过程无法有效的获取到组织中的所有细胞类型，结果的准确性大为降低。这就意味着 “躺在”超低温冰箱中的大量珍贵临床样本都无法进行scRNA测序。而单细胞核RNA测序技术（snRNA-seq）的出现，则在很大程度上解决了以上问题。单细胞核转录组测序（Single Nuclei RNA Sequencing，snRNA-seq）是通过提取样本单细胞核，基于单细胞测序平台分离、标记细胞核，在单细胞水平研究核基因表达检测的技术。为脑组织、心脏、肾脏等复杂组织或一些珍稀冻存样品提供了单细胞水平研究应用平台，可挖掘更多潜在的致病细胞]]></description>
<pubDate>2023-09-26 14:14:04</pubDate>
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<title><![CDATA[单细胞SMART-seq服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_308.htm]]></link>
<description><![CDATA[2012 年，由美国和瑞典的科学家共同开发了称为 Smart-Seq（Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript）的技术。在 2013 年，Nature Methods 杂志上报告了新的方案，被称为 Smart-Seq2，随后在 2014 年他们有公布了详细的操作流程 。获取单细胞并裂解细胞后，含有 oligo-dT 的引物与 mRNA 的 poly- A 结合，逆转录酶 MMLV 进行逆转录，逆转录酶到达 mRNA 5’末端时，MMLV 的末端转移酶活性会在一链 cDNA 的 3&#39;末端增加额外的胞嘧啶，这时 TSO 引物 3&#39; 末端的 rGrG+ G 结合到第一链末端的胞嘧啶，然后以第一链 cDNA 为模版进行延伸合成互补的第二链，全长 cDNA 经过 PCR 扩增后进一步进行测序文库的构建。SMART-seq技术优势起始量低：1 个细胞起始，适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。覆盖度高：测序覆盖 cDNA 的全长序列，每个细胞能够获得上万个基因的表达。信息全面：除了获得基因表达信息，数据能够用于可变剪接，cSNP 等分析，以及带 poly- A 结构的 lncRNA 研究。SMART-seq样本要求类型： 新鲜组织，原代细胞，细胞系等。来源： 血液]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:03:59</pubDate>
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<title><![CDATA[BD Rhapsody单细胞转录组测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_307.htm]]></link>
<description><![CDATA[随着单细胞测序技术的出现，我们所能探知的微观世界越来越精准，从肉眼可见的组织到不可见的细胞，传统的技术一次性处理一块组织，得到的是这块组织中成千上万个细胞的平均水平，而单细胞测序技术研究的却是单个细胞，能揭示单个细胞被掩盖的特性，甚至细胞内的分子机制，有效避免了传统测序中存在的弊端，揭示了细胞与细胞之间的异质性。随着生物技术的创新，单细胞测序技术从一开始的高成本低通量，到现在的低成本高通量，单次可捕获高达10000个细胞，可用于细胞类型分析聚类，免疫学研究，干细胞研究，细胞间异质性分析，发育生物学研究等，极大的推进了基因组学、蛋白组学、代谢组学等的发展。单细胞测序技术在2018年飞速发展，各类技术和应用纷纷上线，中科普瑞于2019年1月8日，整合IsoTex-BD China单细胞研究联合实验室近一年的研发测试和应用，正式投入科研服务应用，成立了BD（中国）- 中科普瑞单细胞研究联合实验室。技术方案为了更好地聚焦单细胞肿瘤临床研究应用，中科普瑞推出了单细胞研究系统解决方案，立足于BD Rhapsody 单细胞研究平台开展单细胞全转录组和靶向转录组测序服务，并以单细胞肿瘤临床研究为中心，着力进行单细胞甲基化检测等技术研发和应用，进而建立涵盖单细胞甲基化研究、单细胞转录组研究以及单细胞蛋白组研究的立体式系统解决方案。通过BD Rhapsody平台，在单细胞水平构]]></description>
<pubDate>2021-05-26 09:31:07</pubDate>
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<title><![CDATA[单细胞Ab-seq服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_246.htm]]></link>
<description><![CDATA[近年来，蛋白质作为生命活动的功能执行体，其研究价值越来越受到重视，将蛋白组学和基因组学研究结合在一起进行多维度单细胞信息解读，不仅能够更好地观察细胞之间的异质性，同时也能够更清楚地识别特定细胞及其功能。BD Abseq 与BD RhapsodyTM 高通量单细胞捕获系统结合使用的方式，能够使研究人员同时分析数千个单细胞中的 RNA 和蛋白质，完整揭示出生物学系统中基因和蛋白质的作用。AbSeq是利用特异性抗体核酸偶联结构，将蛋白表达量转化为核酸含量，然后通过高通量测序手段检测蛋白含量。&nbsp;抗体核酸偶联结构图技术流程BD Rhapsody™融合了 WTA 和 Abseq 两种单细胞检测技术，将蛋白组和转录组的检测过程在单细胞水平很好地进行了融合。细胞经过 BD AbSeq Ab-oligos 标记后，通过 BD Rhapsody™&nbsp; 微孔沉降技术捕获单细胞全转录组 mRNA 和 Ab-oligo。然后，利用文库扩增试剂对同一样本产生平行的 RNA 和 BD AbSeq 测序文库。经过高通量测序后获得 RNA 和蛋白表达的数据，并使用特定分析软件 SeqGeqTM 进行数据分析。&nbsp;实验技术流程图技术优势&nbsp;&nbsp;可对同一个样本，在一次实验中得到高通量mRNA 和 蛋白表达量数据&nbsp;&nbsp;蛋白的表达量数据]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:40:24</pubDate>
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<title><![CDATA[空间转录组测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_245.htm]]></link>
<description><![CDATA[空间转录组是指从一个完整的组织样本中获得全部的转录组数据，并且能够从时间和空间上反应组织在特定区域的表达情况。是一项突破性的技术，弥补了传统单细胞转录组测序所不能体现的位置信息，对于RNA转录后水平的调控具有重要意义，对细胞功能的探究提供了更加精确的依据，对于理解疾病病理学也至关重要。广泛应用于肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、脑神经学、病理学等领域。技术原理对新鲜冷冻组织进行切片并放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，进行固定、染色和透化，促使细胞中的mRNA释放，mRNA从组织的近端位置结合捕获寡核苷酸，以捕获的RNA为模板进行cDNA合成，构建文库并进行测序，最后进行可视化分析。空间转录组实验流程技术优势对多种样本的完整组织切片实现无偏且高通量的基因表达分析分析同一组织切片的组织学和mRNA图谱，发现新的组织标志物揭示生物学结构，并了解局部细胞在正常组织和患病组织中如何相互作用在开展基因表达研究时不再需要解离样本表征细胞群体，而无需预先了解细胞亚型或细胞标志物分析和了解基因表达异质性以及这对生物系统有何贡献通过增加基因表达信息来确认、鉴定或排除形态学结论应用方向肿瘤异质性&nbsp;组织形态学&nbsp;宿主移植反应&nbsp;组织发育机制 治疗干预反应&nbsp;生物标志物发现&nbsp;细胞图谱……]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:41:19</pubDate>
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<title><![CDATA[单细胞ATAC-seq服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_244.htm]]></link>
<description><![CDATA[ATAC-seq测序全称为Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf、Jason Buenrostro和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法，原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。我们每个人体细胞含有两米长的DNA，紧密地包裹在微观核中。ATAC-seq可识别DNA的哪些部分被解开，从而能有蛋白接近进行调控。基因受许多不同的蛋白质调控。例如，转录因子与DNA结合，并进行读取。有无数的转录因子，每一个都识别并结合非常特异的DNA序列。该序列称为motif，因为它非常具有特异性，所以可以在ATAC-seq数据中进行标记。该技术广泛的应用于基因组学界，例如人类细胞图谱项目，用于理解和绘制基因组功能。但是其复杂的过程耗时且效率低，只有一小部分细胞能产生可靠的结果。ATAC-seq可一次性得到整个基因组上的开放染色质图谱，可用于探究转录因子结合，基因表达调控等生物学过程。比较发育不同阶段、不同实验条件下开放染色质图谱的变化，可进一步探究特定的生物学机制，比如胚胎发育的不同阶段，肿瘤相对正常组织开放染色质图谱的变化等]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:39:45</pubDate>
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<title><![CDATA[单细胞免疫组库测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_243.htm]]></link>
<description><![CDATA[免疫组库(immune repertoire，IR) 是指在任何指定时间，某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。传统的免疫组库研究技术通常是用多重PCR技术或5’RACE扩增决定B细胞受体（BCR）或T细胞受体（TCR）多样性的互补决定区（CDR3区），再结合高通量测序技术实现，但往往只能检测TCR和BCR一条链的序列信息。2015年，10× Genomics发布了基于微流控和油滴包裹技术的Chromium单细胞系统平台，可实现高通量的单细胞转录组和单细胞V(D)J测序。不但可以将TCR/BCR双链完美匹配，而且可以细化到单细胞水平，同时获得表达谱信息。技术原理10X Genomic单细胞免疫组库测序是建立在GemCode技术上的微流体平台，将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中；接下来在每个油滴内，凝胶珠溶解，细胞裂解释放mRNA，通过逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA。液体油层破坏后，cDNA一分为二，后续同时进行基因表达和免疫组库文库构建；其中TCR或者BCR的V(D)J序列通过设计在TCR或者BCR、lg的C区域的巢式PCR引物进行富集。然后使用Illumina测序平台对文库进行测序检测，即可一次性获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据，实现在单细胞水平同时对基因表达和免疫组库进行研究。V(D)J重组产生TCR/BCR]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:38:58</pubDate>
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<title><![CDATA[单细胞靶向转录组测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_242.htm]]></link>
<description><![CDATA[&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;单细胞转录组测序是指通过含有polyT的寡核苷酸捕获单个细胞中的mRNA，在单细胞水平解读转录组信息。与单纯的RNA-seq不同的是，单细胞转录组测序能够揭示每个细胞被掩盖的特性。随着生物技术的创新，单细胞测序技术从一开始的高成本低通量，到现在的低成本高通量，单次可捕获高达10000个细胞。可用于细胞类型分析，免疫学研究，干细胞研究，细胞间异质性分析，发育生物学研究等。&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 自2018年3月BD Rhapsody单细胞捕获系统登录中国市场，我们与BD成立了单细胞研究联合实验室，并作为科研服务平台为来自不同科研领域的老师们提供了全面的高通量单细胞转录组测序服务。目前已BD Rhapsody完成的样品类型包括血液，动物组织，肿瘤组织等，累积了丰富的实验和生信分析经验。BD（中国）-中科普瑞 单细胞研究联合实验室单细胞研究技术路线（BD Rhapsody单细胞平台）单细胞研究技生物信息分析展示]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:37:57</pubDate>
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<title><![CDATA[10X Genomics单细胞转录组测序服务]]></title>
<link><![CDATA[http://106.15.196.234show_56.htm]]></link>
<description><![CDATA[传统的RNA-Seq方法通过分析整个细胞群体的RNA，能得到的仅仅是一个整体检测的平均值，并不能代表每个单细胞的转录组。通过每次分析单个细胞的转录组，可以捕获样品中的异质性，并从生物体的基本单位 — 细胞上进行研究。单细胞RNA-seq的基本流程如下：①从组织分裂得到单细胞悬液；②分离单个细胞；③捕获并扩增细胞内RNA；④构建测序文库并测序。&nbsp;单细胞RNA-seq基本流程图应用方向&nbsp;&nbsp;大规模细胞图谱构建&nbsp;&nbsp;细胞亚群细化&amp;稀有细胞类型鉴定&nbsp;&nbsp;肿瘤方向研究&nbsp;&nbsp;干细胞发育及分化研究&nbsp;&nbsp;免疫方向研究&nbsp;&nbsp;发育生物学&nbsp;&nbsp;生物标志物/疾病分型&nbsp;&nbsp;……中科普瑞单细胞平台介绍—10X Genomics单细胞转录组测序服务10X Genomics的Chromium系统利用油包水的微反应体系，通过序列标签区别群体中的不同细胞和转录本，获得单细胞水平的数字化基因表达谱，可实现数千甚至数万个单细胞群体分析，解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足，为单细胞研究开拓新的思路。技术流程将样本分配到100,000s到1000,000s微反应体系，每个微反应体系含有一种特定的DNA序]]></description>
<pubDate>2021-03-17 10:02:52</pubDate>
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